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ふじの航海の約5ヶ月間、乗船者約240人の健康をあずかっていたのがこの医務室です。手術ができる設備もあり、専門医が衛生教育、健康診断、診療にあたっていました。

奥にはベッド3床の病室もあり、盲腸の手術を行った記録が残っています。第7次隊の記録によると、艦が揺れるためハッチで頭部を負傷することが多かったようです。